La factura de un centro sanitario es, ante todo, una factura: tiene que cumplir el reglamento de facturación como la de cualquier empresa. Su particularidad es fiscal: casi toda la asistencia sanitaria está exenta de IVA, y aun así debe facturarse y mencionar la exención. Si el destinatario es una administración, la factura será en general electrónica. Y desde 2027 el programa que la emite tendrá que cumplir requisitos nuevos.

Exenta, pero con factura

La ley del IVA declara exentas dos operaciones que cubren la mayor parte de lo que hace un centro:

• Los servicios de hospitalización o asistencia sanitaria, y los directamente relacionados (alimentación, alojamiento, quirófano, suministro de medicamentos y material sanitario), cuando los prestan entidades de Derecho público o establecimientos privados en régimen de precios autorizados o comunicados (art. 20.Uno.2.º) ².
• La asistencia a personas físicas por profesionales médicos o sanitarios, «cualquiera que sea la persona destinataria de dichos servicios» (art. 20.Uno.3.º) ². Incluye la asistencia médica, quirúrgica y sanitaria para el diagnóstico, la prevención y el tratamiento de enfermedades, con los análisis clínicos y las exploraciones radiológicas ².

La exención tiene límites. No alcanza, entre otras, a la entrega de medicamentos para consumir fuera del establecimiento, ni a la alimentación y el alojamiento de personas que no sean pacientes o sus acompañantes ². Una cafetería abierta al público o una plaza de aparcamiento, por tanto, no comparten la exención de la asistencia.

Estar exento no exime de facturar. El reglamento de facturación libera de la obligación de expedir factura a la mayoría de operaciones exentas por el artículo 20 de la ley, pero exceptúa de esa liberación, entre otras, las de los números 2.º y 3.º del apartado uno (art. 3.1) ¹. Es decir: la asistencia sanitaria exenta sí debe facturarse.

Qué debe llevar la factura

La factura completa debe contener, al menos (art. 6.1) ¹:

Fuente: Real Decreto 1619/2012, art. 6.1; la columna de la derecha aplica cada requisito al caso sanitario ¹.

Cabe una factura simplificada, con menos datos, cuando el importe no supera 400 euros con IVA incluido (art. 4) ¹. Y el plazo: la factura se expide cuando se realiza la operación; si el destinatario es un empresario o profesional, puede emitirse hasta el día 16 del mes siguiente (art. 11) ¹.

Un aviso sobre el contenido. Una factura dirigida a una aseguradora o a un tercero suele necesitar el detalle de los actos, y eso puede incluir datos de salud. La factura cumple su función fiscal con la descripción de la operación; el soporte clínico que pida cada pagador (informe, parte, relación de usuarios) es un documento aparte con su propio régimen de protección, que trata el módulo de derechos y datos.

Cuando quien paga es una administración

La Ley 25/2013 regula la factura a las administraciones públicas. Todo proveedor que les haya entregado bienes o prestado servicios puede expedir factura electrónica (art. 4) ³. Y están obligadas a usarla, entre otras, las sociedades anónimas, las de responsabilidad limitada, las entidades no residentes y las uniones temporales de empresas (art. 4.1) ³. Cada administración puede excluir por reglamento las facturas de hasta 5.000 euros (art. 4) ³.

La factura se presenta ante un registro administrativo en el plazo de treinta días desde la entrega efectiva de los bienes o la prestación del servicio (art. 3) ³. Para las electrónicas, cada administración dispone de un punto general de entrada, que recibe la factura, la registra automáticamente y la hace llegar a la oficina contable competente (art. 6) ³.

Para un centro concertado, el destinatario de su factura principal es el CatSalut. Las condiciones generales de contratación exigen al hospital presentar cada mes la justificación de la actividad mediante factura y relación de usuarios, según las instrucciones del CatSalut ⁶, y prevén que la contabilidad de lo pagado pase por el sistema corporativo de contabilidad de la Generalitat, GECAT ⁶. [PENDIENTE: canal concreto (punto de entrada, formato y plataforma) por el que los proveedores del SISCAT presentan la factura mensual al CatSalut.]

El programa de facturación también se regula

El Real Decreto 1007/2023 fija los requisitos que deben cumplir los sistemas informáticos con que empresas y profesionales emiten sus facturas ⁵. Sus plazos se han aplazado: el Real Decreto-ley 15/2025 sustituyó la disposición que los fijaba (disposición final primera) ⁵. Según la Agencia Tributaria, las entidades que presentan el Impuesto sobre Sociedades deben tener adaptados sus sistemas antes del 1 de enero de 2027, y el resto de obligados, antes del 1 de julio de 2027 ⁴.

Para un centro sanitario privado que es sociedad, eso significa que su módulo de facturación debe estar adaptado antes de 2027. [PENDIENTE: qué entidades del sector público sanitario y qué operaciones exentas quedan dentro o fuera del ámbito del Real Decreto 1007/2023; requiere la consulta de su texto y de las preguntas frecuentes de la Agencia Tributaria.]

Corregir una factura

Los rechazos de los pagadores son constantes: un paciente que no era del pagador facturado, un GRD que cambia al recodificar, una estancia mal contada. La factura emitida no se corrige retocándola: se expide una factura rectificativa cuando la original no cumple algún requisito o cuando cambia la base, por ejemplo (art. 15) ¹. La rectificativa es una factura nueva que identifica la que rectifica, puede agrupar varias si las identifica todas, y debe expedirse en cuanto se conozca el motivo, siempre que no hayan pasado cuatro años desde el devengo (art. 15) ¹. Las rectificativas van en una serie específica (art. 6.1) ¹. Con la numeración correlativa, el resultado es que la secuencia no tiene huecos y cada corrección deja rastro.

Caso práctico

Una clínica privada, constituida como sociedad limitada, atiende en el mismo mes a pacientes privados, a pacientes de tres aseguradoras y, por un convenio con la administración, a pacientes derivados del sistema público.

Todas sus facturas por asistencia sanitaria salen sin cuota de IVA, con la mención de la exención ^{2 1}. Las de su cafetería abierta al público, no ². A los pacientes privados les puede emitir factura simplificada cuando el importe no pase de 400 euros ¹. A las aseguradoras, que son empresas, puede facturarles hasta el día 16 del mes siguiente ¹.

A la administración le factura en formato electrónico, porque como sociedad limitada está obligada (art. 4.1), y la presenta por el punto general de entrada que corresponda en el plazo de treinta días ³. Y como presenta el Impuesto sobre Sociedades, su programa de facturación debe estar adaptado al nuevo reglamento antes del 1 de enero de 2027 ⁴.

Qué implica para los sistemas

Requisito	Consecuencia en el sistema	Módulo
Numeración correlativa por serie	Series por pagador o por centro; sin huecos ni reutilización	Facturación del HIS o del ERP
Mención de exención	Cada concepto facturable lleva su régimen de IVA (exento o sujeto)	Maestro de prestaciones
Factura electrónica a la administración	Generar el formato exigido y enviarlo al punto de entrada	Integración con la plataforma de la administración
Nuevo reglamento de sistemas de facturación	Programa adaptado antes de 2027 si el centro está obligado	Proveedor del software de facturación
Separar factura y soporte clínico	La factura con la descripción mínima; el detalle clínico, en un anexo con acceso restringido	Facturación y gestor documental

Muchos HIS delegan la factura legal en el ERP de la entidad: el HIS valora la actividad y el ERP emite, numera y contabiliza. Es una frontera sensata, siempre que el episodio y la factura queden enlazados en los dos sentidos, para poder explicar cualquier línea cobrada.